在一周目通关后，读取存档进入二周目。首先会出现在自己家中，下楼与爸爸对话可以获得船票。
前往水静市坐船
前往水静市，在码头使用船票登上前往对战开拓区的船。
对战开拓区探索
到达对战开拓区后，可以挑战各种设施，如对战塔、对战工厂等，提升自己的战斗技巧。
捕捉传说中的口袋妖怪
在二周目中有许多传说中的口袋妖怪可以捕捉。比如在特定地点可以遇到雷公、炎帝等。
神秘的幻影之塔
在沙漠地区会随机出现幻影之塔，在里面可以找到珍贵的化石。
反转世界的冒险
通过特定剧情可以进入反转世界，这里充满挑战和独特的口袋妖怪。
冠军之路的再挑战
可以再次进入冠军之路，与更强大的训练家战斗。
与各地区馆主再战
寻找之前的各个地区馆主，与他们再次进行对战，检验自己的实力。
完成隐藏任务
注意游戏中的各种细节和提示，完成一些隐藏的任务，获取特殊奖励。
最终的挑战
当觉得自己实力足够强大后，可以挑战二周目的最终 BOSS，展现自己在二周目中的成长与收获。
以上就是口袋妖怪漆黑的魅影 5.0EX+BW 二周目的主要攻略内容，玩家们可以根据这些要点尽情享受游戏的乐趣。
